{"id":3782,"date":"2023-12-06T11:46:15","date_gmt":"2023-12-06T14:46:15","guid":{"rendered":"https:\/\/www.nucleodoconhecimento.com.br\/livros\/?p=3782"},"modified":"2023-12-08T10:11:36","modified_gmt":"2023-12-08T13:11:36","slug":"recuperacao-de-elementos","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.nucleodoconhecimento.com.br\/livros\/biotecnologia-um-enfoque\/recuperacao-de-elementos","title":{"rendered":"Recupera\u00e7\u00e3o de elementos gen\u00e9ticos m\u00f3veis e prospec\u00e7\u00e3o de genes de resist\u00eancia a antibi\u00f3ticos em dados metagen\u00f4micos de compostagem"},"content":{"rendered":"<p style=\"text-align: right;\"><em>Remigio Cenepo Escobar Rodrigues<\/em> <sup><a href=\"#_ftn1\" name=\"_ftnref1\">[1]<\/a><\/sup><\/p>\n<p style=\"text-align: right;\"><em>Jo\u00e3o Carlos Setubal<\/em> <sup><a href=\"#_ftn2\" name=\"_ftnref2\">[2]<\/a><\/sup><\/p>\n<p style=\"text-align: right;\"><em>Aline Maria da Silva<\/em> <sup><a href=\"#_ftn3\" name=\"_ftnref3\">[3]<\/a><\/sup><\/p>\n<div class=\"acf-input-prepend\" style=\"text-align: right;\">DOI: 10.32749\/nucleodoconhecimento.com.br\/livros\/3782<\/div>\n<h2>RESUMO<\/h2>\n<p><strong>Introdu\u00e7\u00e3o:<\/strong> A metagen\u00f4mica permite recuperar os MAGs (genomas montados de metagenoma). Mas os m\u00e9todos falham na recupera\u00e7\u00e3o de elementos gen\u00e9ticos m\u00f3veis como plasm\u00eddeos disseminadores de ARGs (genes de resist\u00eancia aos antibi\u00f3ticos), que contribuem para a resist\u00eancia antimicrobiana. A recupera\u00e7\u00e3o de plasm\u00eddeos e ARGs, pode auxiliar na compreens\u00e3o de suas fun\u00e7\u00f5es na comunidade microbiana. <strong>Objetivo:<\/strong> Neste trabalho, recuperamos o plasmidoma, e o resistoma de metagen\u00f4mica shotgun de short reads de compostagem. <strong>Metodologia:<\/strong> Estabelecemos uma metodologia para a recupera\u00e7\u00e3o, integrando ferramentas computacionais e databases. <strong>Resultados:<\/strong> Em 649 contigs de plasm\u00eddeos, encontramos 17112 ORFs, 50% das ORFs estavam associadas a genes essenciais da base DEG, 77% tiveram similaridade com o RefSeq e 76% com o COG. Dos contigs recuperados, 230 apresentaram caracter\u00edsticas mais robustas de plasm\u00eddeos, dos quais uma pequena fra\u00e7\u00e3o de contigs foram similares a 4 plasm\u00eddeos da database. Nos contigs plasmidiais, identificamos alta abund\u00e2ncia de genes para transposases, parti\u00e7\u00e3o e manuten\u00e7\u00e3o plasmidial, mecanismos de defesa, resposta ao estresse oxidativo, resist\u00eancia a metais pesados e a antibi\u00f3ticos. Os ARGs identificados estavam mais associados aos cromossomos do que aos plasm\u00eddeos. Houve a sucess\u00e3o de plasm\u00eddeos na compostagem. Genes de transposases, mecanismo de defesa e parti\u00e7\u00e3o plasmidial foram expressos. <strong>Conclus\u00e3o:<\/strong> Embora ainda existem desafios na montagem de sequ\u00eancias repetitivas que dificultam a recupera\u00e7\u00e3o de plasm\u00eddeos, a metodologia que estabelecemos possibilitou a recupera\u00e7\u00e3o mais precisa de contigs de plasm\u00eddeos.<\/p>\n<p><strong>Palavras-chave:<\/strong> Metagen\u00f4mica shotgun; Short reads; Plasmidoma; Resistoma; Compostagem.<\/p>\n<p><strong>Fonte de Financiamento:<\/strong> Aux\u00edlios \u00e0 pesquisa da CAPES (Projeto 3385\/2013) e da FAPESP (Processo 2011\/508706) que financiaram a infraestrutura computacional instalada no Laborat\u00f3rio de Bioinform\u00e1tica do IQ-USP.<\/p>\n<p><sup><a href=\"#_ftnref1\" name=\"_ftn1\">[1]<\/a><\/sup> Doutorando do programa Interunidades de P\u00f3s-gradua\u00e7\u00e3o em Bioinform\u00e1tica da Universidade de S\u00e3o Paulo &#8211; USP, Instituto de Qu\u00edmica, S\u00e3o Paulo &#8211; SP.<\/p>\n<p><sup><a href=\"#_ftnref2\" name=\"_ftn2\">[2]<\/a><\/sup> Orientadora do programa Interunidades de P\u00f3s-gradua\u00e7\u00e3o em Bioinform\u00e1tica do Instituto de Qu\u00edmica da Universidade de S\u00e3o Paulo &#8211; IQ\/USP, S\u00e3o Paulo &#8211; SP.<\/p>\n<p><sup><a href=\"#_ftnref3\" name=\"_ftn3\">[3]<\/a><\/sup> Co-orientador do programa Interunidades de P\u00f3s-gradua\u00e7\u00e3o em Bioinform\u00e1tica do Instituto de Qu\u00edmica da Universidade de S\u00e3o Paulo &#8211; IQ\/USP, S\u00e3o Paulo \u2013 SP.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Introdu\u00e7\u00e3o: A metagen\u00f4mica permite recuperar os MAGs (genomas montados de metagenoma). 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